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生物信息分析常用软件

让数据挖掘轻而易举
农学分析平台

真核生物有参考基因组的转录组分析平台

基于已知的基因组序列和注释信息，以新一代高通量转录组测序（RNA-Seq）数据作为输入，根据测序数据与参考基因组的序列比对，识别新的转录位点（新基因）、新的可变剪接事

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真核生物无参考基因组的转录组分析平台

以新一代高通量转录组测序（RNA-Seq）数据作为输入，从头（de novo）组装转录本，构建转录组（Unigene库），并对Unigene进行功能鉴定，以及结构和表达量分析。

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蛋白质组分析平台

可以进行标准分析和个性化分析，其中标准分析包括：蛋白表达分析和蛋白注释分析。设定参数后点击提交进行分析，分析完成后在流程定制页面下生成标准化结题报告，实现一键式

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代谢组分析平台

代谢组学分析平台基于色谱质谱等产生的数据，借助于统计学方法研究生物体内代谢物的变化状况，促进对生物生理活动的理解。

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全转录组联合分析平台

可以全局的展示多种RNA以及差异情况，对4种RNA之间进行共表达分析，ceRNA网络构建，关键RNA筛选以及关键mRNA的KEGG整合通路网络分析。

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有参全长转录组（ONT）分析平台

基于参考基因组序列和nanopore转录组测序数据进行相关分析，内容包括：数据质控（接头、低质量过滤），转录本结构分析（可变剪切、APA分析等）

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全基因组重测序分析平台

面向无任何生物信息基础的科研工作者开发的集成式分析流程，其部署在高性能服务器上，可以快速完成数据质控、序列比对、SNP/InDel/SV突变检测、突变注释、突变基因

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微生物多样性分析平台

可以进行标准分析和个性化分析，其中标准分析包括：物种分类分析（包括：群落结构分析、物种Heatmap、物种系统进化树）、单样品多样性分析（α- 多样性指数、稀释曲线

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宏基因组分析平台

一款结合多年宏基因组项目分析经验开发的一键式标准化集成式分析平台：分析涵盖了目前微生物宏基因组研究的主流分析内容，分析内容丰富全面，分析结果以结题报告的形式给出。

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微生物基因组

一键式标准化基本分析和个性化多样性分析的集成式分析平台：通过采用三代测序技术，对微生物基因组进行测序、拼接、组装，获得完整微生物基因信息。

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全基因组关联分析平台

借助一定的统计学方法，在全基因组范围内寻找与表型差异相关的核苷酸变异的分析方法，在人类复杂疾病和动植物复杂性状的功能基因挖掘中广泛应用。

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BSA分析平台

一键式标准化分析和个性化多样性分析集成式分析平台．BSA分析，即集群分离分析，它是通过具有相对性状的一对亲本杂交，在其任一分离后代群体中，根据

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医学分析平台

医学有参考基因组的转录组分析平台

可以进行标准分析和个性化分析，其中标准分析包括：差异表达基因分析、基因结构分析、新基因分析等。设定参数后点击提交进行分析，分析完成后在流程定制页面下生成标准化

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医学小RNA测序分析平台

miRNA的鉴定与预测；miRNA表达量分析；miRNA靶基因预测；miRNA靶基因注释分类及富集等。设定参数后点击提交进行分析，分析完成后在基本分析页面下生成标准化

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医学长链非编码RNA测序分析平台

差异表达基因分析、基因结构分析、新lncRNA预测及靶基因预测等。设定参数后点击提交进行分析，分析完成后在流程定制页面下生成标准化结题报告

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分析小工具

绘图工具

绘图工具集成了多款数据展示工具，在方便总览数据的同时，还可调整绘图、交互查看。目前可绘制图形：热图、韦恩图、柱图、饼图、箱线图、散点图、点线图、面积图。

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聚类热图绘制

使用矩阵数据文件进行热图绘制，可以对矩阵数据进行筛选，归一化和聚类等处理。多用于不同样品间基因表达水平聚类分析。

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FASTA工具集

本工具可对FASTA文件进行提取、合并、切分、统计等操作，适用于不同分析场景，如： 1) 组装序列的过滤筛选； 2) 基因或其他元件的序列提取； 3) 针对不同软件的输入要求

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表格文件转TAB文件

将xls/xlsx格式的excel文件转换为tab分隔的文本文件，包含多个sheet的文件，每个sheet都会转换为一个文本文件，文件名为sheet的名称。

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基因功能注释

对通过与数据库的比对，对FASTA格式文件的序列进行功能注释。主要关注Result/Integrated_Function.annotation.xls这个表格和KEEG分析出的代谢通路图。

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BLAST

基于局部比对算法的序列比对搜索工具。BLAST程序可根据database和infile文件序列类型自动从四种比对程序（blastn、blastp、blastx和tblastn）中选择合适的程序。

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绘制GO、KEGG分类富集图

对给定的基因集结合注释信息绘制GO分类富集图、KEGG分类富集及通路富集图，计算出基因的P_value和Corrected_P-value，定位基因最可能相关的GO term。

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根据ID列表提取FASTA序列

根据ID列表提取fasta序列：根据给定的序列ID，到目标序列文件中提取出对应ID的序列。注意：ID文件的后缀只能是txt、list、id，且必须为文本文件

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加权基因共表达网络分析

加权基因共表达网络分析(WGCNA)是一种从表达数据中挖掘基因模块（module）信息的算法，可以用于分析各种表达谱数据，不仅是芯片数据，还可以用于二代测序数据得到

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提取相应ID行信息

数据提取类工具，提取相应ID行信息，是按照输入文件包含的ID列表从指定的目标文件中提取相应的行。输入文件只能为Tab分隔的文本文件，不支持excel文件。

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MEGA

使用MEGA软件构建进化树，画树输入文件，Fasta格式，文件名必须要以.fa 或 .fas 或 .fasta 结尾。Align方法，推荐使用Muscle

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简单重复序列分析

分析fasta序列的SSR(Simple Sequence Repeat)标记，用于后续的实验分析及验证，主要应用于转录本或者Unigene、CDS、EST等序列的SSR标记检测，及标记结果的引物设计。

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