百创DG1000利用Droplet、油滴包裹、Barcode等技术实现高通量的细胞捕获。可在极短的时间内(110S)完成油包水的过程;仪器设计轻巧便携;仪器使用的百创C1000芯片为自主设计的2×4独立芯片,可根据上样数量进行灵活调整;同时本产品还具有配套的分析软件BSCMatrix。
种类约为88万种,每个胶珠之上有千万级的探针,每条探针包括四个部分,通用测序引物R1,cell barcode,UMI,poly(dT)VN ,这里我们设计了更长的CB有54个bp,更长的CB可以更好的去兼容三代测序,尤其是ONT测序,可以提升识别效率。
单细胞测序流程 | 外包科研服务 | 自己操作 |
实验周期 | ?10d | 1?2d |
分析周期 | ?10d | 1?2d |
是否需要运输 | 运输时间需1?2d,可能导致细胞活性较低 | 不需运输,现场解离,细胞活性高 |
将相同的PBMC细胞悬液分3份,通过3个不同实验人员,用3台百创DG1000仪器,独立进行单细胞测序,得到了几乎一致的细胞聚类分群结果,证明百创DG1000具有很好的可重复性及稳定性。
样品编号 | 数据量 | 上机理论细胞数 | 细胞数 | 捕获效率 | 中位基因数 | 中位UMI数 | 总检测基因数 |
T01 | 108.5G | 10,000 | 6,598 | 66% | 1,184 | 2,249 | 34,590 |
T02 | 101.5G | 10,000 | 6,004 | 60% | 1,092 | 1,965 | 33,798 |
T03 | 93.6G | 10,000 | 5,366 | 54% | 1,173 | 2,171 | 34,865 |
相同样本分别使用百创DG1000与传统平台进行数据实测。在捕获效率、中位基因数目、总捕获基因数方面,DG1000平台性能要略微优于传统平台。
样品编号 | 数据量 | 上机理论细胞数 | 细胞数 | 捕获效率 | 中位基因数 | 中位UMI数 | 总检测基因数 |
DG1000 | 53.7G | 5,000 | 2,735 | 54% | 1,315 | 3,217 | 18,657 |
主流平台 | 54.5G | 10,000 | 5,292 | 53% | 958 | 1,228 | 15,777 |
细胞直径在55-60μm的原生动物,分别进行了DG1000与主流平台的测试,主流平台未能成功捕获,DG1000不但捕获成功同时得到了客户比较认可的数据,DG1000细胞直径成功兼容到60μm,为单细胞测序获得更多细胞类型提供可能。