1、保证选取的样本具有足够的代表性；

2、样本中不能有明显的亚群分化（例如生殖隔离等），因为明显分化的群体会使得遗传背景的噪音较大；

3、建议选择几个比较重要且遗传力较高的表型性状作为研究的重点；

4、质量性状尽量为0、1二值性状，并且两类性状的样本数应当尽量相近；

5、数量性状尽量√准量化记录（如抗病性可以量化为发病率、死亡率、存活率、病斑数、病斑面积等，而不是简单的多级衡量），并使表型总体呈近似正态分布；

6、栽培植物可以进行多年多点多重复记录，多年多点的观测结果可以分别进行关联分析，多重复可以取平均值进行关联分析；

7、表型变异丰富、性状有明显的主效位点控制时样本量可以适当减小，推荐200个以上；表型差异较小，多基因控制时样本量应当增大，推荐500个以上。