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10×单细胞全长转录组测序技术

快速有效的获取高质量单个RNA分子全部序列

产品介绍

10×单细胞全长转录组测序利用ONT长读长实时测序技术结合10X技术可以直接读取反转录的全长cDNA，并进行快速分析。这样能够有效的获取高质量的单个RNA分子的全部序列，准确辨别二代测序无法识别的同源异构体（isoform）、同源基因、超家族基因或等位基因表达的转录本。

技术优势

细胞获取通量高

读长长

获取reads数多

单张芯片可混上万个cell

实验原理

Nanopore测序借助分子通过纳米孔时引起孔两侧电位差来实现信号检测，而ATCG四种碱基的带电性质不同，因此通过电信号差异特征即可检测出通过纳米孔的碱基类型，从而实现测序。

结果展示

1141个细胞的Illumina基因表达（h）和纳米孔转录本表达（i）的t-SNE图[2]。

差异基因（a）和差异转录本（b）的表达情况[2]

相关问题

10×单细胞全长转录组测序技术的应用方向有哪些？

细胞图谱绘制、生物标志物分析、肿瘤异质性与耐药分析、干细胞分化与潜能研究

怎样从全血中分离 PBMC？

(1). 将全血用 PBS 1:1 在锥形管中稀释；

(2). 在稀释的样本上面加入等体积的 Ficoll；

(3). 1000g 离心 20min;

(4). 将位于 PBS 和 Ficoll 层间的 PBMC 转移到一个新的管中；

(5). 加入 PBS 清洗细胞；

(6). 4℃，300-400g 离心细胞悬液 4-5min，去除上清液；

(7). 用不含钙镁的 1X PBS + 0.04%BSA 缓冲液重悬沉淀细胞并做计数和活力分析；

(8). 重复步骤 6 后，将细胞用不含钙镁的 1X PBS + 0.04%BSA 缓冲液重悬至细胞浓度为 2×10^7/ml。

相关文献

[1]

Singh M, Al-Eryani G, Carswell S, et al. High-throughput targeted long-read single cell sequencing reveals the clonal and transcriptional landscape of lymphocytes. Nat Commun. 2019;10(1):3120. Published 2019 Jul 16.

[2]

Kevin Lebrigand, Virginie Magnone,Pascal Barbry,Rainer Waldmann.High throughput, error corrected Nanopore single cell transcriptome sequencing.November 05, 2019

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