1、根据已知的 marker gene 来确定： 根据之前的经验和文献记载，已知某一些细胞类型会特异表达一些 marker gene， 比如 T 细胞中特异表达的 CD3/CD4，B 细胞中表达的 CD19/CD20 等。

1)根据 marker gene 在 cluster 细胞中的表达情况来确定：利用 Loupe Cell Browser 或其他软件，标记 cell 中表达 marker gene 的情况，来推测哪个 cluster 是某种细胞类型。

2)根据软件鉴定到的差异表达基因或者 marker gene 来确定：Cell-Ranger 与 monocle2（或其他单细胞分析软件）均提供 cluster 差异表达基因的结果，如果已知某种细胞的Marker gene，可以在差异基因列表中寻找，是否存在这些 marker gene，从而推测该cluster 是否为某种细胞类型。

2、根据基因所在功能通路确定： 不清楚具体的 marker gene，或者某些 cluster 找不到已知的 marker gene。根据cluster 中差异基因或者共表达基因所在 KEGG 和 GO 通路，推测细胞的功能。