遗传进化
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遗传进化介绍
生物大分子蕴藏了丰富的生物进化的遗传信息，从分子水平研究生物遗传进化具有以下优点：
1、根据核苷酸和氨基酸的的结构差异，估计生物种类的分化时间和速度；
3、估算遗传多样性，反映物种真实的进化潜力；
2、减少趋同、平行进化等干扰，揭示物种之间真实的系统发育关系；
4、进一步将性状和基因紧密联系起来，揭示性状调控相关基因。
遗传进化研究方向
白菜和甘蓝的趋同进化
白菜和甘蓝的系统发育树
分析流程
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实验设计
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DNA提取
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建库测序
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数据分析
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问题答疑
重测序-遗传进化
技术介绍：通过对代表性材料（建议*少两个亚群以上，每个亚群≥10份个体或混池）进行全基因组重测序，检测SNPs和Indels等变异信息并进行群体遗传学分析，如连锁不平衡分析、系统发育分析、群体结构分析、有效群体大小分析、基因流分析等。
适用研究方向：有参考基因组的物种群体相关研究，包括群体适应性研究，群体选择驯化研究，种群历史动态研究，亚群间√确变异数据库建立。
标准分析
- 测序数据质控
- 与参考基因组比对
- 全基因组变异检测
- 群体结构分析
- 遗传多样性分析
- 群体选择分析
定制化分析
- 分化时间
- 基因流
- 种群历史动态分析
- 分析方差分析
系统发育树
SLAF-遗传进化
技术介绍：为研究群体遗传结构及其变化规律，对同一物种的不同亚种、地理群体或者种属间较近缘的物种进行简化基因组测序，通过与参考基因组或同源聚类比对，得到大量的SNPs变异信息，分析群体的遗传结构、选择压力和影响群体遗传平衡的因素，探讨群体演化机制。
适用研究方向：有参物种和无参物种群体研究，包括核心种质筛选，群体适应性研究，群体选择驯化研究。
标准分析
- 测序数据质控
- 与参考基因组比对
- 全基因组变异检测
- 群体结构分析
- 遗传多样性分析
- 群体选择分析
定制化分析
- 分化时间
- 基因流
- 种群历史动态分析
- 分子方差分析
项目经验丰富，硕果累累！
百迈客自2009年成立以来，经过多年的沉淀积累和6年的奋激薄发，在群体遗传进化研究方面已完成上百个物种的项目，共发表文章70+篇，累计影响因子达420+，其中包含多篇Nature Genetics、 Molecular Plant及Current Biology等国际等级期刊。
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系统发育树
系统发育树(phylogenetic?tree，又称evolutionary?tree进化树)是描述群体间进化顺序的分支图或树，表示群体间的进化关系。通过生物信息学的方法，可以建立物种的系统发育树，以及推测生物进化的时间和过程。
什么是PCA分析？
基于SNP，通过cluster软件，进行主元成分分析(Principal?components?analysis,?PCA)分析，得到样品的主元成分聚类情况。通过PCA分析，能够获得哪些样品相对比较接近，哪些样品相对比较疏远，可以辅助进化分析。
Fst分析
群体的固定系数Fst反映了群体等位基因杂合性水平。Fst是传统衡量种群间遗传分化的基本指标，如果种群中某个等位基因因为对于特定生境的适合度较高而经历适应性选择，那么其频率的升高会增大种群间的分化水平，反映在数据上就是选择区域有较大的Fst值。
核苷酸多态性（π）分析
π是衡量核苷酸多态性的指标，不受样本大小的影响，是选择清除分析常用的指标。π值越小，表示核苷酸多态性越低。π分析结果如下图所示，横轴表示基因组的位置，纵坐标表示π值。
遗传进化群体材料如何选择？
| 研究目的 | 材料选择 |
| 种群历史动态研究 | 选择起源中心的材料 |
| 适应性研究 | 选择不同生境的典型材料 |
| 选择驯化研究 | 选择野生与驯化相关的典型材料 |
| 亚群间√准变异数据库的建立 | 每个亚群选择一个典型材料 |
SLAF-遗传进化测序标签数及深度建议
| 基因组倍性 | 基因组大小 | 推荐测序量 |
| 二倍体物种 | <1G | 10万标签，10× |
| 1~3G | 20万标签，10× | |
| ＞3G | 30万标签，10× | |
| 多倍体 | – | 30万标签，10× |
| – | 普通小麦 | 50万标签，10× |
| – | 核心种质筛选 | 5-10万标签，10× |
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