自2023年6月，百创时空技术第一篇文章见刊至今19个月内，使用百创时空技术文章累计33篇，在线文章平均影响因子12+，涉及哺乳动物（含人鼠）、水生（淡水及海洋）、禽类、两栖、林木、作物及蔬菜等26个物种，25个组织类型，涵盖肿瘤研究、疾病机制、再生、进化、发育、综述建议及技术算法等领域。

 

部分文章展示

1.肿瘤研究

中文题目：整合分子和空间分析揭示原位和侵袭性肢端黑色素瘤的进化动态和肿瘤免疫相互作用

发表期刊：Cancer Cell

发表年份：2024

影响因子：48.8

DOI号：10.1016/j.jhazmat.2025.137375

文章采用技术：BMKMANU S1000、WES、Multi-region sequencing、Bulk RNA seq、10X Chromium、CODEX

样本类型：人原位黑色素瘤（AMis）和侵袭性黑色素瘤（iAM）的肿瘤组织，相邻正常皮肤，外周血

文章简介：

为在空间水平探究 APOE+CD163+ 巨噬细胞亚群与 EMT 肿瘤细胞的互相作用，研究人员利用百创S1000空间转录技术对10例 AM 样本进行了实验（数据中能够明确区分表皮的基底层、棘层、颗粒层以及汗腺和血管，肿瘤区域高表达黑色素基因MLANA、PMEL、TYPR?和 DCT）。

数据表明（与单细胞数据联合分析）C3 亚型的 EMT 肿瘤细胞占比高，并且有 APOE+CD163+ 巨噬细胞的浸润，巨噬细胞与 EMT 肿瘤细胞具有共定位特征。CellChat 互作分析验证了 APOE+CD163+ 巨噬细胞的高度受体配体互作，与单细胞转录组结果高度一致（APOE+/CD163+ 巨噬细胞是空间中 IGF 通路网络的发送者（sender）和影响者（Influencer））。使用空间单细胞蛋白组学对患者肿瘤免疫微环境进行了深入分析，结果显示APOE+CD163+ TAM和EMThigh肿瘤细胞存在高度相关的定位，这与空间转录组的结果一致。

 

2.疾病机制

中文题目：单细胞RNA测序研究全氟辛酸诱导的小鼠胚胎着床损伤

发表期刊：Journal of Hazardous Materials

发表年份：2025

影响因子：12.2

DOI号：https://doi.org/10.1073/pnas.2310163120

文章采用技术：BMKMANU DG1000、Bulk RNA seq、LC-MS/MS

样本类型：鼠子宫

文章简介：

全氟辛酸（PFOA）是一种环境持久性化学物质，对人类健康构成显著风险。研究表明PFOA会影响女性生殖，但其对子宫内膜容受性和潜在机制的具体影响尚不清楚。

该研究通过小鼠模型，研究了低剂量PFOA暴露对子宫内膜容受性的影响。结果表明，PFOA暴露显著损害了子宫内膜容受性，导致胚胎着床率显著下降。利用单细胞RNA测序技术，研究者全面分析了PFOA破坏子宫内膜上皮细胞功能和发育的具体机制。值得注意的是，研究者发现ANGPTL（血管生成素样）信号通路失调，这一通路对于子宫内膜基质细胞和上皮细胞之间的通信至关重要，最终导致胚胎着床失败。这些发现为PFOA的生殖毒性提供了新的见解，并强调了针对环境污染物相关不孕症治疗干预的潜在靶点。

 

3.再生研究

中文题目：空间转录组测序揭示番茄愈伤组织芽再生的分子机制

发表期刊：PNAS

发表年份：2023

影响因子：10.1

DOI号：https://doi.org/10.1073/pnas.2310163120

文章采用技术：BMKMANU S1000、Stereo-seq、10X Visium、10X Chromium

样本类型：番茄愈伤组织

文章简介：

该研究首次揭示了番茄愈伤组织内部细胞的异质性，并在单细胞水平上详细解析了激素信号和重要调控因子在各种细胞和组织中的表达情况。研究结果不仅发现了表皮和芽原基细胞的亚型和功能，还揭示了绿色组织（chlorenchyma）细胞在芽原基细胞位置和分化发展中的重要作用，以及光照如何通过促进绿色组织细胞的发育和激活雷帕霉素靶蛋白TOR来推动芽再生过程。

 

4.综述建议

中文题目：系统比较基于测序的空间转录组学方法

发表期刊：Nature Methods

发表年份：2024

影响因子：36.1

DOI号：?10.1038/s41592-024-02325-3

文章采用技术：BMKMANU S1000、Stereo-seq、Visium、Slide-seq V2、Salus、DynaSpatial、DBiT-seq、PIXEL-seq、Slide-tag、Curio Seeker、HDST、In situ hybridization

样本类型：小鼠胚胎（眼球）、成年小鼠大脑（海马）、小鼠嗅球

文章简介：

空间转录组学（sST）技术使得在组织水平上测量基因表达的空间分布成为可能。然而，目前对于不同sST平台的系统性比较研究还较为缺乏，技术之间的差异和数据集的多样性给标准化评估指标的制定带来了挑战。

该研究建立了一套具有明确组织学结构的参考组织和区域，并利用这些参考组织生成数据，比较了11种sST方法。研究发现，分子扩散是不同方法和组织之间的变量参数，显著影响有效分辨率。

此外，空间转录组数据展示了单细胞数据所不具备的独特属性，例如增强捕获模式化稀有细胞状态及其特定标记物的能力，尽管这种能力受到测序深度和分辨率等多种因素的影响。该研究为生物学家选择sST平台提供了指导，有助于促进评估标准的共识形成，并为未来基准测试工作建立框架，可作为开发和评估空间转录组分析计算工具的黄金标准。

5.发育研究

中文题目：组织学和单细胞核转录组分析揭示玉米茎叶枕发育中韧皮纤维细胞的特化功能和调控叶片角度的关键因子

发表期刊：Molecular Plant

发表年份：2024

影响因子：27.5

DOI号：10.1016/j.molp.2024.05.001

文章采用技术：BMKMANU DG1000、Bulk RNA seq、Chip-seq、RNA原位杂交、CRISPR/Cas9

样本类型：玉米茎叶

文章简介：

叶片角度（Leaf Angle, LA）是影响玉米种植密度和产量的关键因素。然而，调控叶片角度形成的机制尚不清楚。该研究通过对不同玉米自交系的茎叶枕区域进行比较组织学分析，发现叶片角度大小显著受到茎叶枕上表皮韧皮纤维细胞（SC）的初始伸长和随后的木质化的影响。通过批量和单细胞核RNA测序，生成了茎叶枕区域的全面转录组图谱，并鉴定了许多可能影响其特化为SC的下皮细胞富集基因。

此外，研究者功能验证了两个编码非典型bHLH转录因子的基因bHLH30及其同源基因bHLH155，它们在伸长的上表皮细胞中高表达。遗传分析表明，bHLH30和bHLH155正向调控叶片角度的扩张，分子实验表明它们能够激活细胞伸长和SC木质化相关基因的转录。这些发现突出了茎叶枕上表皮SC在通过限制茎叶枕细胞的进一步延伸和增强机械强度来调控叶片角度方面的特化功能。茎叶枕区域的单细胞核转录组图谱不仅加深了研究者对叶片角度调控的理解，还为现代玉米育种中优化植物结构提供了许多潜在靶点。

6.技术算法

中文题目：利用基于膜的边界定义和提高单细胞分辨率来提高空间转录组学

发表期刊：Small Methods

发表年份：2025

影响因子：15.36

DOI号：?10.1002/smtd.202401056

文章采用技术：BMKMANU S1000、Stereo-seq、scRNA-seq

样本类型：小鼠（脑、肠和肝），球墨西哥钝口螈（脑、肠和肝）

文章简介：

准确界定细胞边界是空间转录组学（Spatial Transcriptomics, ST）的技术难题。目前常用的方法是基于细胞核染色或数学推导，这些方法要么排除了细胞质，要么只能确定假设性的边界。

该研究提出了一种新的细胞边界定义方法：利用基因编码的荧光蛋白对细胞膜进行标记，从而能够在组织切片上精确定位细胞内的测序位点和转录本。与基于细胞核的方法相比，这种基于细胞膜的方法显著增加了捕获的基因数量，小鼠和墨西哥钝口螈肝脏中基因数量分别增加了67%和119%。

此外，该方法获得的表达谱与单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据更为一致，显示出更合理的聚类和明显的细胞类型特异性标记。该方法还提高了单细胞分辨率，能够更好地识别稀有细胞类型并详细解析墨西哥钝口螈大脑和肠的空间域。除了常规细胞外，该方法还能够准确识别小鼠肝脏中的多核细胞和无核细胞，展示了其分析复杂组织和器官的能力，这是以往方法无法实现的。该研究为改善空间转录组学提供了一种强大的工具，具有广泛应用于生物学和医学科学的潜力。

7.进化研究

中文题目：追踪空气凤梨从陆地到空中生态位的进化和遗传足迹

发表期刊：Nature Communications

发表年份：2024

影响因子：14.919

DOI号：10.1038/s41467-024-53756-7

文章采用技术：BMKMANU S1000、Stereo-seq、SMART-seq、16S rRNA测序、全基因组重测序、基因组组装

样本类型：空气凤梨亚科植物

文章简介：

该研究以凤梨科的空气凤梨亚科为模型植物，探索其起源、进化和多样性。通过基于核转录组序列的系统发育树分析，发现核心空气凤梨起源于约1130万年前的安第斯山脉。安第斯山脉的地质抬升推动了空气凤梨向储水型和空气型的分化。基因组和转录组分析揭示了与储水型和吸收性毛状体等适应性特征相关的基因变异和丢失。此外，研究还发现了空气凤梨叶表皮中特定的固氮细菌群落，可能是其获取氮素的潜在来源。该研究为理解空气凤梨对空中生态位的适应性进化提供了多组学视角。

在短短19个月间，百创时空技术已在科研领域绽放出耀眼光芒，见刊文章数量稳步增长，影响因子成绩斐然，研究范围横跨多物种与多组织类型，领域覆盖更是广泛而深入。这不仅是对百创时空技术先进性与实用性的有力证明，也为众多科研工作者开辟了新的研究路径。未来，百创时空技术会持续创新突破，在更多未知领域开疆拓土，助力科研成果不断涌现，为推动生命科学进步与技术革新贡献更为强大的力量！?