转录组和小rna联合分析的内容主要有：

1.差异表达miRNA作用的靶mRNA的预测；

2.miRNA-mRNA调控网络分析；

3.根据表达量信息找到差异表达的mRNA和miRNA，绘制成表，可以更直观地看出表达量的差异；

4.对于有时间或者浓度梯度的样品，可以做靶基因调控最相关的前20个miRNA随时间或者浓度梯度的表达量变化曲线。