【百创智造S3000空间单细胞分割实测数据】
物种信息：小鼠
测序策略：Illumina PE150
分析软件点击下载>>：BSTMatrix
参考基因组版本：GRCm38_release95
Demo数据点击下载>>：百创S3000空间转录芯片鼠脑Demo数据
【实测数据分析结果概览】
细胞分割结果
| Type | Number of Cells | Median Genes per Cells | Median UMI Counts per Cells | Total Genes Detected |
| Value | 94020 | 1999 | 3892 | 37080 |
基于细胞分割的聚类结果
数据情况
| Type | Number | Percent(%) |
| Number of Reads | 1,647,163,344 | |
| Valid Barcodes | 1,518,333,646 | 92.18 |
| Valid UMIs | 1,634,484,110 | 99.23 |
| Final Valid Reads | 1,517,476,104 | 92.13 |
比对概览
| Type | Percent(%) |
| Reads Mapped to Genome | 98.14% |
| Reads Mapped Confidently to Genome | 87.4% |
| Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions | 3.36% |
| Reads Mapped Confidently to Intronic Regions | 3.94% |
| Reads Mapped Confidently to Exonic Regions | 80.1% |
| Reads Mapped Confidently to Transcriptome | 80.15% |
饱和度
| Tpyes | Sequencing Saturation | Fraction Reads in Spots Under Tissue |
| Values | 68.67% | 92.07% |
多级分辨率结果
| Level | L18
(100μm) |
L9
(50μm) |
L7
(36μm) |
L6
(30μm) |
L5
(24μm) |
L4
(18μm) |
L3
(12μm) |
L2
(6μm) |
L1
(3.5μm) |
| Number of
SupSpots |
3,535 | 14,971 | 25,592 | 35,712 | 53,277 | 87,809 | 170,996 | 464,159 | 2,622,153 |
| Median Genes
?per SupSpot |
11,007 | 6,244 | 4,654 | 3,793 | 2,909 | 2,026 | 1,198 | 510 | 107 |
| Median UMI Counts per SupSpot | 99,970 | 23,612 | 13,799 | 9,867 | 6,608 | 3,990 | 2,034 | 742 | 130 |
| Total Genes Detected | 37,152 | 37,154 | 37,162 | 37,163 | 37,157 | 37,161 | 37,163 | 37,165 | 37,165 |
基于BIN的部分多级聚类结果
百创S3000脑数据与某平台数据Demo比较
百创S3000空间转录芯片
百创空间转录组以原片无错高清H&E+原片无错荧光+原片测序，“三片合一”实现精准的细胞分割，将空间转录组推进到单细胞分辨率的领域。
本着持续创新，深耕时空领域的决心，经过又潜心研发，百创智造于2024年3月27日在山东青岛正式发布了百创S3000空间转录组芯片，让空间组学的性能再进一步。
百创S3000在6.8mm*6.8mm的捕获区域内铺设了4,144,770个捕获位点，相邻两个捕获位点的中心距为3.5μm。
相较于现在广受市场认可与好评的百创S1000转录组芯片，捕获位点数提升近2倍，分辨率同样提升近2倍
在相同的测序饱和度下，单细胞级别分辨率下中位UMI提升了30%~70%，中位基因数提升30%-60%。
如果您对百创S3000技术感兴趣，欢迎联系我们
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